Na de Doleantie in 1886 ontstond op 1 september 1887 de Gereformeerde Gemeente Woudsend c.a. Eerst werden er kerkdiensten gehouden in een boerderij in Indijk. In februari 1888 werd de grote houten schuur met erf en helling van de voormalige Noorderwerf aan de Ee aangekocht en verbouwd tot kerkgebouw. Het huidige (voormalige) kerkgebouw stamt uit 1912 en werd in gebruik genomen op 27 maart 1913. De kosten van het nieuwe gebouw met toren en klok waren bijna 18.000 gulden. Aannemer was de jeugdige Enne de Boer uit Woudsend.

In de oorlog werd de klok door de Duitsers gevorderd. Omdat de klok na de oorlog niet terugkwam, werd een nieuwe klok gemaakt en op 18 december 1947 in gebruik genomen. Op 14 november 1962 werd een nieuw door de fa. B. Pels en Zoon N.V. te Alkmaar gebouwd orgel in gebruik genomen. In de eerste maanden van 1969 werd het interieur van de kerk vernieuwd. In 1974/1975 kreeg het kerkgebouw nieuwe glas-in-lood ramen.

Na vanaf 1988 met de Hervormde Gemeente Woudsend c.a. ‘samen-op-weg’ te zijn geweest werd in 1998 besloten het kerkgebouw te verkopen en voortaan verder te kerken in de Karmel, de vroegere Hervormde kerk. Op zondag 22 november 1998 vond de laatste kerkdienst plaats.

Het voormalige kerkgebouw doet nu dienst als particulier woonhuis en is nu een opvallende gebouw aan de oever van de ’s zomers druk bevaren Ie.