Smallebrugge is één van de kleinste van de 365 Friese kerkdorpen. Het lag vroeger aan weerszijden van een belangrijk vaarwater, de handelsroute de Olde Ee. Daarlangs ontstonden in de late Middeleeuwen handelsplaatsen als IJlst, Woudsend en Sloten. Het westelijk deel van Smallebrugge behoorde tot Wymbritseradiel en het oostelijk deel bij Doniawerstal. Bij de gemeentelijke herindeling op 1 januari 1984 is het oostelijk deel van het dorp tezamen met Koufurderrige bij Wymbritseradiel gekomen.

Het dorp bestond uit een kerk, enkele boerderijen, een aantal huizen en een stins, het Hepkehuis van een zekere Hepka. Van daaruit werd de Olde Ee gecontroleerd. Dit Hepkehuis was in de 15de eeuw het middelpunt van de vete tussen de Schieringers en de Vetkopers. Tijdens de bloedige Donia-oorlog werd in 1459 het Hepkehuis verovert door Haring Donia. In 1637 werd bij een brand bijna het gehele dorp verwoest. De kerk bleef gespaard maar werd rond 1750 afgebroken. Er is nu nog een kerkhof met klokkenstoel.

In het najaar van 1972 vond bewoner Uilke van der Kooij bij het hekkelen een zeldzaam ruiterzwaard uit de tweede helft van de veertiende eeuw. De vondst is een bevestiging van de aanwezigheid van de stins, waarover verder geen gegevens bekend zijn.

Algemeen wordt aangenomen dat Smallebrugge z’n naam te danken heeft aan een smalle brug die over de Olde Ee zou hebben gelegen. Volgens Willem Vellinga, die een scriptie over Smallebrugge heeft geschreven, is er een betere verklaring. Brêge, brugge betekende in het oud-Fries ‘broek’ oftewel ‘moeras’. Smallebrugge kan dus als aannemelijke verklaring ‘klein moerasgebied’ betekenen.